Индивидуальный предприниматель обязан сам подписывать счета-фактуры.

Федеральная налоговая служба разъяснила, что индивидуальный предприниматель не вправе возложить обязанность подписания счетов-фактур на уполномоченных им лиц.
   В отличие от организации, которая вправе в установленном порядке уполномочить иное лицо подписывать счёт-фактуру за руководителя и главного бухгалтера, индивидуальному предпринимателю положениями статьи 169 Налогового кодекса РФ право подписания счёта-фактуры его уполномоченному представителю не предоставлено.
   Такие разъяснения содержатся в Письме ФНС России от 09.07.2009 № ШС-22-3/553.