Если организация, находящаяся на УСН, выставила покупателям счет-фактуру при реализации продукции, по которой была получена предоплата до ее перехода на УСН, она должна всю сумму, указанную в счете-фактуре, уплатить в бюджет.

НДС, уплаченный организацией с суммы предоплаты, зачету в период применения УСН не подлежит. Этот НДС можно зачесть только в последнем налоговом периоде перед переходом на УСН и только при наличии документов, подтверждающих возврат этого НДС покупателю.

Такие разъяснения приводятся в Письме Минфина РФ от 01.04.2008 N 03-11-05/78.